Planeten Bajor har varit ockuperad av Cardassianerna i ca 50 år, men
de är nu fria. Men innan Cardassianerna lämnade Bajor förstörde de stora delar av planeten. Den Bajoranska provisoriska regeringen ber Federationen
att hjälpa dem och Kommendörkapten (Commander) Benjamin Sisko blir
kommendören på den fd Cardassianska rymdstationen Deep Space Nine (fd Terok Nor) som är i en bana runt Bajor.
Under pilotavsnittet hittar Sisko och hans besättning ett stabilt
maskhål i det Bajoranska solsystemet. Detta maskhål leder till gammakvadranten en del av galaxen som det skulle ta ca 70 år att nå med warp 9. Under
piloten flyttar de stationen till maskhålets öppning. DS9 och Bajor
kontrollerar därigenom en viktig strategisk position för utforskning
och kolonisation.
Efter ett antal år upptäcker federationen att i gammakvadranten finns
ett imperium som heter Dominion. Dominion är ledda av en ras gestaltändrare
som kallar sig för Grundarana (The Founders). Efter några allvarliga
konfrontationer med Dominions soldater, Jem'Hadar, så har Sisko
lyckats få stjärnflottan att stationera krigsskeppsprototypen
Defiant vid DS9. Genom en överenskommelse med Romulanerna har
Defiant utrustats med ett kamouflage-system, vilket bara får
användas i gammakvadranten.
